应用工程系共设3个管理机构，分别是：党政（组织员）工作办公室、教学与科研工作办公室、学工与团委（就业）工作办公室。

应用工程系共设6个教研室，分别是：资源勘查工程教研室、化学工程与工艺教研室、土木工程教研室、工程管理教研室、测绘工程教研室、地理信息科学教研室。