赣东学院应用工程系是由原东华理工大学长江学院应用工程系转设而来，继承了东华理工大学优势学科与专业的同时，逐渐形成了赣东学院应用型人才培养的特色。目前开设有测绘工程、地理信息科学、土木工程、工程管理等专业。其中，测绘工程专业为江西省省级一流专业。另外，2017年、2021年两次江西省普通高校本科专业综合评价中，测绘工程专业均居全省同类学院专业排名第一，工程管理居全省同类学院专业排名第二。

应用工程系十分注重学生科研创新基础能力的培养。测绘工程、地理信息科学、土木工程及工程管理专业主要是根据东华理工大学高水平科研平台的培养要求，通过外派部分专业教师，共享实验条件，有所侧重地培养基础扎实、专业过硬的科研后备力量，近三年来，专业考研成功率均在35%以上，录取学校中，东华理工大学占85%左右，体现人才培养的行业传承。

我系重视学生应用实践能力培养，全方位培养学生的专业实践能力和创新能力，建有校内测绘工程类、土木工程类教学实验室，总面积2300多平米；建有浙江杭州、浙江江山、江西相山、抚州市洪门水库、临川温泉、九江石油化工总公司、南昌市水业集团公司、长江三峡等专业校外教学实习基地20多个。加强与企业合作，建有稳定的就业基地30多家。

为了加强我系学生创新创业能力培养，应用工程系建有一个以老师引导、学生为主的，培养学生创新开发能力的“流星科技创新团队”，团队自2012年建立以来共获国家级荣誉7项，省级奖项30项，校级荣誉近百项；主持国家级大学生创新创业训练计划项目达13项、江西省大学生创新创业训练计划项目10多项；收获实用新型专利13项、发明专利2项、软件著作权4项。同时，各专业积极组织学生参与国家和江西省组织的各类专业技能比赛，近年三来获省级以上各类比赛奖励400多人次。