赣东学院应用工程学院是由原东华理工大学长江学院应用工程系转设而来，通过三年多的独立办学，逐渐形成了具有赣东学院特色的人才培养模式。目前开设有测绘工程、遥感科学与技术、地理信息科学、土木工程、工程管理等专业。其中，测绘工程专业为江西省省级一流专业。另外，2017年、2021年两次江西省普通高校本科专业综合评价中，测绘工程专业均居全省同类学院专业排名第一，工程管理居全省同类学院专业排名第二。

应用工程学院一直坚持“立足地方、紧盯市场”的办学理念，以“夯实专业基础，提升实践能力，注重德育实效，培养适应区域经济社会发展需求的新时代应用型人才”为指导思想，全方位培养学生的专业实践能力和创新能力，新校区规划建设校内教学实验室面积6000多平方米；建有浙江杭州、浙江江山、抚州洪门、临川温泉、九江石化、长江三峡等专业校外教学实习基地20多个。

应用工程学院也十分注重学生科研基础能力的塑造。按照学生学习兴趣，进行分类人才培养，对于有科研学习需求的同学，学院通过外聘部分高水平专业教师，共享外校实验条件等方式，有所侧重地培养基础扎实、专业过硬的科研后备力量，近三年来，学院考研成功人数均占毕业总人数的20%以上。

为了加强学生创新创业能力培养，学院建有一个以教师为主导、学生为主体的“创新团队”，近两年来，团队获中国国际大学生创新大赛铜奖2项，江西省“互联网+”大学生创新创业大赛金奖1项、铜奖1项。同时，各专业积极组织学生参与国家和江西省组织的各类专业技能比赛，近年来获省级以上各类比赛奖励400多人次。